ena-database

ENAデータベース

欧州塩基配列アーカイブ(ENA)のAPI・FTPにアクセスし、配列、FASTQ、生物情報、メタデータを取得します。

AIスキル大辞典による日本語要約
品質評価95/100評価確度:十分
人気度(GitHub Star) 100発掘スコア 63
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このSkillでできること

  • アクセッション番号からDNA・RNA配列、FASTQ、ゲノムアセンブリを取得する
  • メタデータ条件でサンプル、研究、アセンブリを検索する
  • 分類情報、配列アノテーション、機能データを照会する
  • ENAのデータをバイオインフォマティクスパイプラインに統合する
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使い方

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STEP 1

対象のデータ種別やアクセッション番号、検索条件を指定する

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STEP 2

複雑な検索やメタデータ検索にはENA Portal APIを使う

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STEP 3

特定レコードの取得にはENA Browser APIを使う

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STEP 4

大量データの取得にはFTPまたはAsperaを使う

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Skillのインストール

このGitHubリポジトリにあるSkillを確認し、現在の環境に適した方法でインストールしてください。
インストール後、正常に利用できることを確認し、基本的な使い方も簡潔に説明してください。

Repository:
https://github.com/foryourhealth111-pixel/Vibe-Skills
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このSkillを使うプロンプト例

Skill名を明示すると、意図したSkillを使わせやすくなります。自動発動型では必須とは限りません。

ENAから指定した生物種のゲノムアセンブリを検索し、アクセッション番号と関連メタデータを一覧化してください。
出力例を見る
指定した生物種に該当するゲノムアセンブリについて、アクセッション番号と取得可能なメタデータを一覧化します。
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安全性チェック

自動解析による参考情報です。Skillの安全性を保証するものではありません。

外部API通信検出あり
Shellコマンド実行明確な記述なし
ファイル読み取り明確な記述なし
ファイル書き込み明確な記述なし
ネットワークアクセス検出あり
認証情報明確な記述なし
検出根拠を見る
  • network: nctionality across all ENA data types - Documentation: https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/doc - Use for complex queries and metadata searches **ENA Br
  • network: ect retrieval of records and metadata - Documentation: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/doc - Use for downloading specific records by accession - Re
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