pgwas-coloc

pgwas-coloc

GWASとQTLなど2つの形質が同じ原因変異を共有するかを、colocなどで評価する遺伝統計解析ワークフロー。

AIスキル大辞典による日本語要約
品質評価97/100評価確度:標準
人気度(GitHub Star) 20発掘スコア 100
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このSkillでできること

  • GWASとQTLのシグナルを同一領域で比較する
  • 共有原因変異の仮説を評価する
  • PP4や事後確率を用いて結果を解釈する
  • 複数シグナルやアレル不一致などの問題を確認する
02

使い方

01
STEP 1

対象となるリードSNPと解析領域を定義する

02
STEP 2

各形質のp値、サンプルサイズ、MAFなどを準備する

03
STEP 3

coloc.abfなどで事前確率を設定して解析する

04
STEP 4

必要に応じて条件付き解析や代替手法を検討する

03

Skillのインストール

このGitHubリポジトリにあるSkillを確認し、現在の環境に適した方法でインストールしてください。
インストール後、正常に利用できることを確認し、基本的な使い方も簡潔に説明してください。

Repository:
https://github.com/zoebischuribe-cloud/postgwas-skills
手動でインストールする

README / SKILL.mdから機械抽出できたコマンドのみ表示しています。推測したコマンドではありません。

git clone https://github.com/zoebischuribe-cloud/postgwas-skills.git
cd postgwas-skills
mkdir -p ~/.codex/skills
cp -R skills/pgwas-mr ~/.codex/skills/
for d in skills/pgwas-*; do
cp -R "$d" ~/.codex/skills/
done
mkdir -p ~/.claude/agents
cp skills/pgwas-mr/SKILL.md ~/.claude/agents/pgwas-mr.md
cp -R skills/pgwas-mr ~/.openclaw/workspace/skills/
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このSkillを使うプロンプト例

Skill名を明示すると、意図したSkillを使わせやすくなります。自動発動型では必須とは限りません。

このGWAS領域とeQTLデータについて、共有原因変異の可能性をcolocで評価し、PP4を含めて解釈してください。
出力例を見る
coloc解析結果、仮説別の事後確率、注意すべきデータ不整合。
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安全性チェック

自動解析による参考情報です。Skillの安全性を保証するものではありません。

外部API通信明確な記述なし
Shellコマンド実行検出あり
ファイル読み取り明確な記述なし
ファイル書き込み検出あり
ネットワークアクセス明確な記述なし
認証情報明確な記述なし
検出根拠を見る
  • shell: 使用。 ### 2. Claude Code Claude Code 使用 Subagents 机制: ```bash mkdir -p ~/.claude/agents cp skills/pgwas-mr/SKILL.md ~/.claude/agents/pgwas-mr.md ``` 然
  • shell: ### 3. OpenClaw / QClaw 将技能目录复制到 OpenClaw skills 目录: ```bash cp -R skills/pgwas-mr ~/.openclaw/workspace/skills/ ``` --- ## Skill Index | Skill | S
  • file_write: 2. Claude Code Claude Code 使用 Subagents 机制: ```bash mkdir -p ~/.claude/agents cp skills/pgwas-mr/SKILL.md ~/.claude/agents/pgwas-mr.md ``` 然后编辑 `~/
  • file_write: de 使用 Subagents 机制: ```bash mkdir -p ~/.claude/agents cp skills/pgwas-mr/SKILL.md ~/.claude/agents/pgwas-mr.md ``` 然后编辑 `~/.claude/agents/pgwas-mr
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